生信入门-R/Rstudio近期安装GSVA包后使用gsva函数报错Calling gsva(expr=., gset.idx.list=., method=., ...) is defunct
Aldina151 2024-06-29 11:35:02 阅读 59
解决方法如下：
（我的R版本4.4.0，GSVA版本1.52.5，官方表示只要保证均为最新应该是一句warning而不是error（然已确认全部最新版本但并未解决，因此出此方法））：
首先给一个gsvaP(or other names) <- ssgseaParam(
exprData = expr,
geneSets = cellMarker,
assay = NA_character_,
annotation = NA_character_,
minSize = 1,
maxSize = Inf,
alpha = 0.25,
normalize = TRUE
)
再gsva_data(or other names) <- gsva(gsvaP)
附解决思路:网页检索/仔细看报错/?gsva查看帮助页更新(最终解决途径)
P.S.: 个人R自学记录，为帮助遇到同样问题的朋友们，如有不对或更简单的解决方法欢迎大佬赐教
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method=. ...) is defunct 生信入门-R/Rstudio近期安装GSVA包后使用gsva函数报错Calling gsva(expr=. gset.idx.list=.
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