最全整理:R/Rstudio/R包的更新

简说基因-专业生信合作伙伴 2024-10-19 08:35:01 阅读 95

R 是开源的数据分析和统计计算语言,功能强大且应用广泛,R 的版本更新频率较高。最近处理数据时突然有一个 R 包无法安装,细探究发现这个 R 包需要新版本 R 的才可以安装。本文主要分享:更新 R、更新 Rstudio 和一键升级 R 包。

更新 R 和 Rstudio

1.输入命令更新 R

在 Rstudio/R 中更新 R,输入以下命令:

<code>install.packages('installr')

library(installr)

updateR()

在 R 中运行时:

1.首先打开 R,选择镜像(China 随便选一个就可)

805490bf509590483b895ab3b30c0cfb.png

2.运行三行代码

会显示如下界面,如果已经有了新版本,点击确定

b2bc5452c348989801153fc911af1c43.png

不看新闻点击

cd570f011753afa91878bc12172b3521.png

再次确认是否安装最新版本的 R,点击

确定

5c3aacf9794df6f6ec13ba6c172ff26c.png

接下来就开始安装了

98036bff06211e9392ec10bdaf8893fc.png

安装成功即可。

2.官网下载最新版本 R

https://www.r-project.org/

fe4a2f507c22ec7f1afa3cf6dfbe03fd.png

25d4e27e98837f2f4ee821b88c15e5f1.png

最新版本在最下面,一般下载.gz 的压缩包,下载完安装即可。

3.更新 Rstudio

进入 Rstudio 官网:https://posit.co/downloads/ 点击 DOWNLOAD RSTUDIO ---> DOWNLOAD RSTUDIO DESKTOP FOR WINDOWS

74a44ce87ebdf3ff131ed274a87cba95.png

70e41518bf804fd011f6447ccd4af5aa.png

4.更换 Rstudio 的 R 版本

Tools--->Global Options

3c412046d35e8c5ed898de31d1abbc60.png

点击 change 更换 R 版本

03c4a5c59dfd18ddc42307b196b2d568.png

换完版本不要忘了点击两个 OK, 然后再重启一便RStudio即可,这样就是完全更新完了

95d1362f1aaeb03f77ced0d20da4d192.png

升级 R 包

1.输入命令更新 R 包

跑代码的时候可能会遇到 R 包版本不匹配或者附加包不匹配的情况,所以需要更新完 R 版本的同时需要升级我们的 R 包

输入命令直接升级所有 R 包(CRAN、Bioconductor、GitHub)

<code>## 安装rvcheck包

install.packages("rvcheck")

## 加载rvcheck包

library("rvcheck")

#检查R是否有更新

rvcheck::check_r()

rvcheck::update_all(check_R = FALSE,

                    which =c("CRAN","BioC","github"))

2.复制粘贴 R 包

首先找到旧版本 R 包安装的路径,在命令行中输入.libPaths() 就可以找到 R 包的位置,此处输出的第一个路径为 R 包安装的位置

.libPaths()

[1] "C:/Users/B/AppData/Local/R/win-library/4.4" "C:/Program Files/R/R-4.4.1/library"

打开路径可以发现有两个或三个文件夹,把 4.3 文件内的文件复制粘贴到 4.4 即可

90edff6b7109b459a66cd5d9ae338cec.png

平常更新完 R 版本总是懒得重新安装 R 包,所以就会把自己之前安装的 R 包全部打包压缩好,这样就可以方便自己安装了。

到这里 R、Rstudio 和 R 包就都更新完了,本期的分享到此结束,希望对大家有所帮助!本人也是处于学习阶段,如有问题可以评论区留言哦!

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